musicatk

DOI:10.18129 / B9.bioc.musicatk

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅musicatk。

突变特征综合分析工具包

Bioconductor版本:3.13

突变的签名是致癌的风险敞口或异常细胞过程,可使改变基因组。我们创建了musicatk(突变特征综合分析工具箱)地址在通用性和易用性缺陷在其他已有的计算工具。尽管许多不同类型的突变数据已经生成,当前软件包没有一个灵活的框架允许用户混合和匹配不同类型的突变突变特征推理过程。Musicatk使用户能够计数和结合多种变异类型,包括SBS, DBS, indels。Musicatk计算链复制,转录链和组合这些特性以及独特和专有的基因组功能的发现与任何突变类型有关。Musicatk还实现了几种方法对新发现的签名以及方法来推断暴露给一组现有的签名。Musicatk提供可视化和下游探索性分析功能包括能够比较组之间的签名和在宇宙V2或宇宙V3找到匹配的签名。

作者:亚伦·雪佛兰(cre)(0000-0002-3968-9250),约书亚·d·坎贝尔(aut)

维修工:亚伦·雪佛兰< atgc bu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“musicatk”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	突变特征综合分析工具包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiologicalQuestion,软件,SomaticMutation,VariantAnnotation
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (> = 4.0.0),NMF
进口	SummarizedExperiment,VariantAnnotation,cowplot,Biostrings、基础、方法magrittr,宠物猫,tidyr,gtools,gridExtra,maftools,MCMCprecision,质量,matrixTests,data.table,dplyr,rlang,BSgenome,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,uwot,ggplot2,stringr,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,deconstructSigs,decompTumor2Sig,topicmodels,ggrepel,withr,情节跑龙套,factoextra,集群,ComplexHeatmap,stringi,philentropy
链接
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,生存,XVector,qpdf,covr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/campbio/musicatk/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	musicatk_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	musicatk_1.2.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	musicatk_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/musicatk
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ musicatk
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/musicatk/
包下载报告	下载数据