此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见motifmatchr.
Bioconductor版本:3.13
快速找到许多图案和许多序列的主题匹配。从MOODS主题调用库包装c++代码,该库由Pasi Rastas, Janne Korhonen和Petri开发Martinmäki。
作者:Alicia Schep [aut, cre],斯坦福大学[cph]
维护者:Alicia Schep
引文(从R内,输入引用(“motifmatchr”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("motifmatchr")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“motifmatchr”)
超文本标记语言 | R脚本 | motifmatchr |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | MotifAnnotation,软件 |
版本 | 1.14.0 |
在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(4年) |
许可证 | GPL-3 +文件许可证 |
取决于 | R (>= 3.3) |
进口 | 矩阵,Rcpp、方法、TFBSTools,Biostrings,BSgenome,S4Vectors,SummarizedExperiment,GenomicRanges,IRanges,Rsamtools,GenomeInfoDb |
链接 | Rcpp,RcppArmadillo |
建议 | testthat,knitr,rmarkdown,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 |
SystemRequirements | c++ 11 |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | enrichTF,esATAC,网页排名 |
建议我 | CAGEWorkflow,chromVAR,MethReg |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | motifmatchr_1.14.0.tar.gz |
Windows二进制 | motifmatchr_1.14.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13 (High Sierra) | motifmatchr_1.14.0.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifmatchr |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/motifmatchr |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/motifmatchr/ |
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