马赛克

DOI:10.18129 / B9.bioc.mosaics

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见马赛克

mosaic(基于模型的ChIP-Seq单样本和双样本分析和推断)

Bioconductor版本:3.13

该软件包提供了MOSAiCS和MOSAiCS- hmm的拟合功能,MOSAiCS- hmm是一个统计框架,用于分析转录因子结合和组蛋白修饰的单样本或双样本ChIP-seq数据。

作者:钟东军,宽培芬,Rene Welch, Sunduz Keles

维护者:Dongjun Chung < Dongjun。钟在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“马赛克”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("mosaics")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“马赛克”)

PDF R脚本 马赛克
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 生物信息学ChIPseq遗传学测序软件转录
版本 2.30.0
在Bioconductor BioC 2.8 (R-2.13)(10.5年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R(>= 3.0.0),方法,图形,Rcpp
进口 质量样条函数,晶格IRangesGenomicRangesGenomicAlignmentsRsamtoolsGenomeInfoDbS4Vectors
链接 Rcpp
建议 mosaicsExample
SystemRequirements Perl
增强了 平行
URL http://groups.google.com/group/mosaics_user_group
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 mosaics_2.30.0.tar.gz
Windows二进制 mosaics_2.30.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) mosaics_2.30.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mosaics
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/mosaic
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/mosaics/
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Bioconductor

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网