minfi
DOI:
10.18129 / B9.bioc.minfi
这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅minfi。
分析Illumina公司英飞纳姆DNA甲基化数组
Bioconductor版本:3.13
工具来分析和可视化Illumina公司英飞纳姆甲基化数组。
作者:Kasper丹尼尔·汉森(cre, aut),马丁·阿尔耶前来(aut),拉斐尔·a·伊(aut),安德鲁·e·贾菲(施)Jovana Maksimovic(施),e·安德烈斯豪斯曼(施),让-菲利普•福丁(施),蒂姆Triche[所有],山诉安德鲁斯(施),彼得·f·希基(施)
维修工:Kasper丹尼尔·汉森< kasperdanielhansen gmail.com >
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“minfi”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“minfi”)
细节
| biocViews |
DNAMethylation,DataImport,DifferentialMethylation,表观遗传学,ImmunoOncology,MethylationArray,微阵列,多通道,归一化,预处理,质量控制,软件,TwoChannel |
| 版本 |
1.38.0 |
| Bioconductor自 |
BioC 2.9 (r - 2.14)(10年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
方法,BiocGenerics(> = 0.15.3),GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 1.1.6),Biostrings,bumphunter(> = 1.1.9) |
| 进口 |
S4Vectors,GenomeInfoDb,Biobase(> = 2.33.2),IRanges,beanplot,RColorBrewer,晶格,nor1mix,siggenes,limma,preprocessCore,illuminaio(> = 0.23.2),DelayedMatrixStats(> = 1.3.4),mclust,genefilter,nlme,重塑,质量,quadprog,data.table,GEOquery、统计、grDevices图形,跑龙套,DelayedArray(> = 0.15.16),HDF5Array,BiocParallel |
| 链接 |
|
| 建议 |
IlluminaHumanMethylation450kmanifest(> = 0.2.0),IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19(> = 0.2.1),minfiData(> = 0.18.0),minfiDataEPIC,FlowSorted.Blood.450k(> = 1.0.1),RUnit,消化,BiocStyle,knitr,rmarkdown、工具 |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
|
| URL |
https://github.com/hansenlab/minfi |
| BugReports |
https://github.com/hansenlab/minfi/issues |
| 取决于我 |
BeadSorted.Saliva.EPIC,bigmelon,冠军,conumee,DMRcate,FlowSorted.Blood.450k,FlowSorted.Blood.EPIC,FlowSorted.CordBlood.450k,FlowSorted.CordBloodCombined.450k,FlowSorted.CordBloodNorway.450k,FlowSorted.DLPFC.450k,IlluminaHumanMethylation27kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylation27kmanifest,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylation450kmanifest,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b3.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICmanifest,methylationArrayAnalysis,methylumi,minfiData,minfiDataEPIC,REMP,shinyMethyl |
| 进口我 |
EnMCB,ENmix,funtooNorm,餐,肉,MethylAid,methylCC,methylumi,missMethyl,quantro,recountmethylation,shinyepico,skewr |
| 建议我 |
brgedata,CopyNeutralIMA,epivizr,epivizrChart,哈曼,mCSEA,MultiDataSet,地球,RnBeads,芝麻 |
| 我的链接 |
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| 构建报告 |
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包档案
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