methylumi

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylumi

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅methylumi。

处理Illumina公司甲基化数据

Bioconductor版本:3.13

这个包提供了类和操纵Illumina公司甲基化数据。eSet的基础上,它可以包含MIAME信息,样本信息,特征信息,和多个矩阵的数据。一个“智能”导入功能,methylumiR可以阅读并创建一个MethyLumiSet Illumina公司文本文件。methylumIDAT可以直接读取原始IDAT文件从HumanMethylation27 HumanMethylation450微阵列。规范化、背景校正和GoldenGate质量控制功能,还包括英,英飞纳姆高清数组。

作者:肖恩·戴维斯,杜潘,斯文",Jr .)蒂姆•Triche Moiz Bootwalla

维护人员:肖恩·戴维斯在mail.nih.gov > < sdavis2

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“methylumi”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“methylumi”)

PDF	R脚本	介绍methylumi包
PDF	R脚本	使用methylumi处理Illumina公司450 k数组
PDF		参考手册
文本		自述

细节

biocViews	CpGIsland,DNAMethylation,预处理,质量控制,软件,TwoChannel
版本	2.38.0
Bioconductor自	BioC 2.5 (r - 2.10)(12年)
许可证	GPL-2
取决于	Biobase、方法、R (> = 2.13)尺度,reshape2,ggplot2,matrixStats,FDb.InfiniumMethylation.hg19(> = 2.2.0),minfi
进口	BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,SummarizedExperiment,Biobase、图形、晶格,注释,genefilter,AnnotationDbi,minfistats4,illuminaio
链接
建议	光民,晶格,limma,xtable,SQN,质量,matrixStats平行,rtracklayer,Biostrings,methyAnalysis,TCGAMethylation450k,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,FDb.InfiniumMethylation.hg18(> = 2.2.0),Homo.sapiens,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/seandavi/methylumi/issues/new
取决于我	bigmelon,RnBeads,skewr,西瓜
进口我	ffpe,光民,methyAnalysis,missMethyl
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	methylumi_2.38.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)	methylumi_2.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylumi
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methylumi
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylumi/
包下载报告	下载数据