methylSig

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylSig

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅methylSig。

MethylSig:差异甲基化检测WGBS和rrb数据

Bioconductor版本:3.13

MethylSig是一个包进行测试不同甲基胞核嘧啶(后腰)或地区(dmr)亚硫酸氢全基因组测序(WGBS)或减少表示酸性亚硫酸盐测序(rrb)实验。MethylSig使用β二项式模型测试组样品之间的显著差异。几个选项存在特定站点或者滑动窗口测试,和方差估计。

作者:Yongseok公园(aut),雷蒙德·g·Cavalcante (aut (cre)

维护人员:雷蒙德·g·Cavalcante < rcavalca umich.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“methylSig”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML	R脚本	更新methylSig代码
HTML	R脚本	使用methylSig
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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialMethylation,表观遗传学,MethylSeq,回归,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6)
进口	bsseq,DelayedArray,DelayedMatrixStats,DSS,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges、方法、并行数据,S4Vectors
链接
建议	BiocStyle,bsseqData,knitr,rmarkdown,testthat(> =魅惑,covr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/sartorlab/methylSig/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	methylSig_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	methylSig_1.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	methylSig_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylSig
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methylSig
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylSig/
包下载报告	下载数据