methyAnalysis

DOI:10.18129 / B9.bioc.methyAnalysis

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此包适用于Bioconductor 3.13版。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定发布版本，请参见methyAnalysis．

DNA甲基化数据分析与可视化

Bioconductor版本:3.13

methylanalysis包的目标是DNA甲基化数据分析和可视化。定义了一个methylgenoset类来保存染色体位置信息和数据。该软件包还包括从Methy-Seq数据估计甲基化水平的功能。

作者:潘度，理查德·布尔根

维护:黄磊

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("methyAnalysis")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“methyAnalysis”)

PDF	R脚本	甲基分析包的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，微阵列，软件，可视化
版本	1.34.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10)，网格，BiocGenerics，IRanges，GenomeInfoDb(> = 1.22.0),GenomicRanges，Biobase(> = 2.34.0),org.Hs.eg.db
进口	grDevices, stats, utils，光民，methylumi，Gviz，genoset，SummarizedExperiment，IRanges，GenomicRanges，VariantAnnotation，rtracklayer，bigmemoryExtras，GenomicFeatures，注释，Biobase(> = 2.5.5),AnnotationDbi，genefilter，biomaRt，方法，并行
链接
建议	FDb.InfiniumMethylation.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	methylumi
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	methyAnalysis_1.34.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	methyAnalysis_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methyAnalysis
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methyAnalysis
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methyAnalysis/
软件包下载报告	下载数据