这个包是弃用。它可能会从Bioconductor删除。请参考包临终的指导方针为更多的信息。
这个包是Bioconductor的3.13版本。这个包已经从Bioconductor删除。最后稳定,最新的发布版本,请参阅metagenomeFeatures。
Bioconductor版本:3.13
metagenomeFeatures开发用于探索标志基因的分类注释宏基因组序列数据集。包可以用来探索标志基因的分类组成数据库或注释从标志基因序列metagenome实验。
作者:内森·d·奥尔森,约瑟夫·保尔森纳撒尼尔·赫克托耳Corrada布拉沃
维护人员:内森·d·奥尔森在umiacs.umd.edu < nolson >
从内部引用(R,回车引用(“metagenomeFeatures”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“metagenomeFeatures”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
参考手册 |
biocViews | 注释,ImmunoOncology,基础设施,宏基因组,微生物组,测序,软件 |
版本 | 2.12.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.2 (r - 3.2)(6年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 3.5),Biobase(> = 2.17.8) |
进口 | Biostrings(> = 2.36.4),S4Vectors(> = 0.23.18),dplyr(> = 0.7.0),dbplyr(> = 1.0.0),stringr(> = 1.0.0),lazyeval(> = 0.1.10),RSQLite(> = 1.0.0),magrittr(> = 1.5)、方法(> = 3.3.1),晶格(> = 0.20.33),猿(> = 3.5),解读(> =测试盒框) |
链接 | |
建议 | knitr(> = 1.11),testthat(> = 0.10.0),rmarkdown(> = 1.3),devtools(> = 1.13.5),ggtree(> = 1.8.2),BiocStyle(> = 2.8.2),phyloseq(> = 1.24.2),forcats(> = 0.3.0),ggplot2(> = 3.0.0) |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/HCBravoLab/metagenomeFeatures |
BugReports | https://github.com/HCBravoLab/metagenomeFeatures/issues |
取决于我 | |
进口我 | greengenes13.5MgDb,ribosomaldatabaseproject11.5MgDb,silva128.1MgDb |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | |
Windows二进制 | |
macOS 10.13(高山脉) | |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagenomeFeatures |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ metagenomeFeatures |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/metagenomeFeatures/ |
包下载报告 | 下载数据 |