模因
DOI:10.18129 / B9.bioc.memes
这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅模因。
主题匹配、比较和新创发现使用MEME套件
Bioconductor版本:3.13
MEME的无缝接口套件家庭为主题分析的工具。“模因”提供数据了解工具使用农庄对象作为entrypoints主题分析,数据结构用于检查和编辑主题列表、数据可视化和小说。“模因”的功能和数据结构都服从基地R和tidyverse工作流。
作者:斯宾塞Nystrom (cre, aut cph]
维护人员:斯宾塞Nystrom < nystromdev gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“模因”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“模因”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“模因”)
| HTML | R脚本 | ChIP-seq分析 |
| HTML | R脚本 | 重新使用DREME主题的发现 |
| HTML | R脚本 | 安装模因 |
| HTML | R脚本 | 主题比较使用TomTom |
| HTML | R脚本 | 使用AME主题浓缩试验 |
| HTML | R脚本 | 图案扫描使用FIMO |
| HTML | R脚本 | 整理主题的元数据 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DataImport,FunctionalGenomics,GeneRegulation,MotifAnnotation,MotifDiscovery,SequenceMatching,软件 |
| 版本 | 1.0.4 |
| Bioconductor自 | BioC 3.13 (r - 4.1)(< 6个月) |
| 许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 4.1) |
| 进口 | Biostrings,dplyr,cmdfun(> = 1.0.2中),GenomicRanges,ggplot2,ggseqlogo,magrittr,matrixStats、方法、拼接而成,processx,purrr,rlang,readr、统计数据、工具宠物猫,tidyr跑龙套,usethis,universalmotif(> = 1.9.3),xml2 |
| 链接 | |
| 建议 | cowplot,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6,forcats,testthat(> =魅惑,knitr,MotifDb,pheatmap,PMCMRplus,plyranges(> = 1.9.1),rmarkdown,covr |
| SystemRequirements | Meme套件(v5.3.3或以上) |
| 增强了 | |
| URL | https://snystrom.github.io/memes/https://github.com/snystrom/memes |
| BugReports | https://github.com/snystrom/memes/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | memes_1.0.4.tar.gz |
| Windows二进制 | memes_1.0.4.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | memes_1.0.4.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/memes |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/模因 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/memes/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
