lionessR

DOI:10.18129 / B9.bioc.lionessR

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见lionessR．

使用LIONESS为单个样本建模网络

Bioconductor版本:3.13

LIONESS，或线性插值获取单样本网络估计，可用于重建单样本网络(https://arxiv.org/abs/1505.06440)。该代码在R中的LIONESS函数中实现了LIONESS方程，以重建单样本网络。我们使用的默认网络重构方法是基于Pearson相关的。然而，lionessR可以在任何返回完整的加权邻接矩阵的网络重建算法上运行。lionessR适用于单部网络和二部网络。

作者:Marieke Lydia Kuijjer [aut]，谢平汉[cre]

维护人员:Ping-Han Hsieh

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("lionessR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“lionessR”)

超文本标记语言	R脚本	lionessR
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression，网络，NetworkInference，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(2年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	统计数据,SummarizedExperiment，S4Vectors
链接
建议	knitr，rmarkdown，igraph，reshape2，limma
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mararie/lionessR
BugReports	https://github.com/mararie/lionessR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	lionessR_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	lionessR_1.6.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	lionessR_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lionessR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/lionessR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/lionessR/
软件包下载报告	下载数据