烤肉串

DOI:10.18129 / B9.bioc.kebabs

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅烤肉串。

基于生物序列分析

Bioconductor版本:3.13

包提供了基于功能分析的DNA, RNA,通过基于svm方法和氨基酸序列。核心功能,烤肉串实现序列内核:光谱内核,内核不匹配,有缺口的内核,内核和主题。除了标准的位置无关的功能的有效实现,内核扩展在小说的方法考虑的位置模式的相似性度量。因为内核配方的灵活性,加权程度等其他内核内核或常数权重的加权程度内核转移位置作为特殊情况。一个内核的annotation-specific变体使用注释信息放置在序列与序列中的模式。包允许生成内核在稠密或稀疏矩阵或显式特性表示格式所有可用的内核,可以使用在其他R包中实现的方法。专注于基于SVM方法,烤肉串提供了一个框架,它简化了使用现有SVM实现kernlab, e1071, LiblineaR。二进制和多层次分类以及回归任务可以用在一个统一的方式,而不必处理的不同功能,选择支持向量机的参数,和格式。支持选择hyperparameters,包提供交叉验证,包括分组交叉验证,模型网格搜索和选择功能。简单生物的解释结果,所有支持向量机的包重量计算特性和预测资料显示个人的贡献序列位置的预测结果和显示序列的相关性部分学习的结果和潜在的生物功能。

作者:约翰金棕榈奖

维护人员:乌尔里希Bodenhofer < Bodenhofer在bioinf.jku.at >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“烤肉”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes(烤肉)

PDF	R脚本	烤肉串- R包基于内核的生物序列分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,聚类,回归,软件,SupportVectorMachine
版本	1.26.1
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(7年)
许可证	GPL (> = 2.1)
取决于	R (> = 3.2.0),Biostrings(> = 2.35.5),kernlab
进口	方法、统计数据Rcpp(> = 0.11.2),矩阵,XVector(> = 0.7.3),S4Vectors(> = 0.27.3),e1071,LiblineaR、图形grDevices跑龙套,apcluster
链接	IRanges,XVector,Biostrings,Rcpp,S4Vectors
建议	SparseM,Biobase,BiocGenerics,knitr
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/kebabs/https://github.com/UBod/kebabs
取决于我	procoil
进口我	FindMyFriends,odseq
建议我	apcluster
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	kebabs_1.26.1.tar.gz
Windows二进制	kebabs_1.26.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	kebabs_1.26.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/kebabs
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/烤肉串
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/kebabs/
包下载报告	下载数据