karyoploteR

DOI:10.18129 / B9.bioc.karyoploteR

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见karyoploteR．

绘制可定制的线性基因组，显示任意数据

Bioconductor版本:3.13

核型图创建任意基因组的核型图，并提供了一套完整的功能来绘制它们上的任意数据。它模仿许多R基图形函数，将它们与坐标变化函数耦合，自动将染色体和数据坐标映射到图形坐标中。除了提供的数据绘图功能外，还可以轻松添加新的功能。

作者:Bernat Gel

维护者:Bernat Gel

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("karyoploteR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“karyoploteR”)

超文本标记语言	R脚本	karyoploteR装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，CopyNumberVariation，报道，DNASeq，DataImport，MethylSeq，OneChannel，测序，软件，可视化
版本	1.18.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.4)，地区，GenomicRanges、方法
进口	地区，GenomicRanges，IRanges，Rsamtools，统计，图形，memoise，rtracklayer，GenomeInfoDb，S4Vectors，biovizBase，消化，贝塞尔曲线，GenomicFeatures，bamsignals，AnnotationDbigrDevices,VariantAnnotation
链接
建议	BiocStyle，knitr，testthat，magrittr，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，pasillaBamSubset
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/bernatgel/karyoploteR
BugReports	https://github.com/bernatgel/karyoploteR/issues
全靠我	CopyNumberPlots
进口我	CNVfilteR，CNViz，multicrispr，RIPAT
建议我	类别
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	karyoploteR_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	karyoploteR_1.18.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	karyoploteR_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/karyoploteR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/karyoploteR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/karyoploteR/
软件包下载报告	下载数据