infercnv

DOI:10.18129 / B9.bioc.infercnv

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅infercnv。

从单细胞RNA-Seq数据推断拷贝数变异

Bioconductor版本:3.13

使用可视化CNV在细胞单细胞RNA-Seq表达式。

作者:盖逗(aut),待Tirosh (aut),克利斯朵夫Georgescu (aut (cre),麦克斯韦布朗(aut),布莱恩·哈斯(aut)

维护人员:克利斯朵夫Georgescu < cgeorges broadinstitute.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“infercnv”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“infercnv”)

HTML	R脚本	可视化大规模拷贝数变异单细胞RNA-Seq表达数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯,CopyNumberVariation,遗传学,GenomicVariation,HiddenMarkovModel,SingleCell,软件,StatisticalMethod,StructuralVariation,转录组,VariantDetection
版本	1.8.1
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	BSD_3_clause +文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	图形、grDevicesRColorBrewer,gplots,futile.logger统计,跑龙套、方法猿,phyclust,矩阵,fastcluster,dplyr,HiddenMarkov,ggplot2,刨边机,硬币,caTools,消化,RANN,莱顿,重塑,rjags,fitdistrplus,未来,foreach,doParallel,BiocGenerics,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,tidyr平行,coda,gridExtra,argparse
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements	缺口4. x.y
增强了
URL	https://github.com/broadinstitute/inferCNV/wiki
BugReports	https://github.com/broadinstitute/inferCNV/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	infercnv_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	infercnv_1.8.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	infercnv_1.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/infercnv
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ infercnv
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/infercnv/
包下载报告	下载数据