immunotation

DOI:10.18129 / B9.bioc.immunotation

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅immunotation。

工具使用不同的免疫基因

Bioconductor版本:3.13

MHC(主要组织相容性复合体)细胞表面分子复合物呈现抗原T细胞。抗原的曲目,在一个给定的遗传背景很大程度上取决于序列的编码MHC分子,因此,在人类高度可变HLA(人类白细胞抗原)hyperpolymorphic HLA位点的基因。已报告28000多不同HLA等位基因,与全球人类之间显著的等位基因频率的差异。可再生的和一致的注释HLA等位基因在大规模生物信息学工作流仍然是具有挑战性的,因为可用的参考数据库和软件工具经常使用不同的HLA命名方案。包immunotation提供了一致的HLA基因注释工具等典型immunoinformatics工作流例如MHC-presented肽的预测不同的人类的捐助者。转换器的功能提供映射不同HLA命名方案是基于MHC限制性本体(MRO)。包还提供了自动进入全球人类HLA等位基因频率参考人口净数据库存储在等位基因频率。

作者:凯瑟琳Imkeller (cre, aut)

维护人员:凯瑟琳Imkeller < k。在dkfz.de imkeller >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“immunotation”)

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文档

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HTML	R脚本	用户指南immunotation
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,BiomedicalInformatics,遗传学,ImmunoOncology,软件
版本	1.0.1
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	stringr,ontologyIndex,旋度,ggplot2,readr,房车,tidyr,xml2,地图,rlang
链接
建议	BiocGenerics,rmarkdown,BiocStyle,knitr,testthat,DT
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/imkeller/immunotation/issues
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	immunotation_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	immunotation_1.0.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	immunotation_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/immunotation
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ immunotation
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/immunotation/
包下载报告	下载数据