igvR

DOI:10.18129 / B9.bioc.igvR

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅igvR。

igvR:整合基因组学查看器

Bioconductor版本:3.13

对进口的访问。js,整合基因组学查看器中运行一个web浏览器。

作者:保罗·香农

维修工:保罗·香农< paul.thurmond。香农在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“igvR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“igvR”)

HTML	R脚本	选择一个股票或定制的基因组
HTML	R脚本	探索从bam文件ChIP-seq对齐,MACS2 narrowPeaks,保护,H3K4me3甲基化和主题匹配
HTML	R脚本	探索VCF变体,GWAS snps,推动者和组蛋白标记MEF2C老年痴呆症的基因疾病
HTML	R脚本	简介:一个简单的演示
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GenomeBrowsers,软件,ThirdPartyClient,可视化
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(3.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0),GenomicRanges,GenomicAlignments,BrowserViz(> = 2.9.1)
进口	方法,BiocGenerics,httpuv跑龙套,MotifDb,seqLogo,rtracklayer,VariantAnnotation,RColorBrewer
链接
建议	RUnit,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://paul-shannon.github.io/igvR/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	igvR_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	igvR_1.12.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	igvR_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/igvR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ igvR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/igvR/
包下载报告	下载数据