idr2d

DOI:10.18129 / B9.bioc.idr2d

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见idr2d

基因组相互作用数据的不可复制发现率

Bioconductor版本:3.13

用于测量产生二维峰(峰之间的相互作用)的基因组实验之间的重复性的工具,如ChIA-PET、HiChIP和HiC。idr2d是原始idr包的扩展,用于(一维)ChIP-seq峰值。

作者:康斯坦丁·克里斯默[aut, cre, cph],大卫·吉福德[ths, cph]

维护者:Konstantin Krismer < Krismer at mit.edu>

引文(从R内,输入引用(“idr2d”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("idr2d")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“idr2d”)

超文本标记语言 R脚本 从重复的ChIA-PET实验中鉴定可重复的基因组相互作用
超文本标记语言 R脚本 从重复的ChIP-seq实验中识别可重复的基因组峰
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 分类DNA3DStructure表观遗传学FunctionalGenomicsGeneRegulationPeakDetection软件
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(2年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 3.6)
进口 dplyr(> = 0.7.6),futile.logger(> = 3),GenomeInfoDb(> = 1.14.0),GenomicRanges(> = 1.30),ggplot2(>= 3.1.1), grDevices,印尼盾(> = 1.2),IRanges(> = 2.18.0),magrittr(>= 1.5),方法网状(> = 1.13),尺度(>= 1.0.0), stats,stringr(>= 1.3.1), utils
链接
建议 DT(> = 0.4),htmltools(> = 0.3.6),knitr(> = 1.20),rmarkdown(> = 1.10),roxygen2(> = 6.1.0),testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements Python (>= 3.5.0), hicc -straw
增强了
URL https://idr2d.mit.edu
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 idr2d_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 idr2d_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) idr2d_1.6.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/idr2d
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/idr2d
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/idr2d/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网