理想的

DOI:10.18129 / B9.bioc.ideal

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见理想的．

交互式微分表达式分析

Bioconductor版本:3.13

该软件包提供了rna测序数据集的交互式差异表达分析功能，以快速有效地提取差异表达下游步骤的信息。Shiny应用程序封装了整个包。

作者:Federico Marini [aut, cre]

维护者:Federico Marini

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ideal")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“理想”)

超文本标记语言	R脚本	理想用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，GUI，GeneExpression，GeneSetEnrichment，ImmunoOncology，质量控制，RNASeq，ReportWriting，测序，软件，可视化
版本	1.16.1
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(4.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	topGO
进口	DESeq2，SummarizedExperiment，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，ggplot2(> = 2.0.0),的热图，情节，pheatmap，pcaExplorer，IHW，gplots，UpSetR，goseq，stringr，dplyr，limma，GOstats，GO.db，AnnotationDbi，闪亮的(> = 0.12.0),shinydashboard，shinyBS，DT，rentrez，rintrojs，ggrepel，knitr，rmarkdown，shinyAce，BiocParallelgrDevices,base64enc、方法
链接
建议	testthat，BiocStyle，气道，org.Hs.eg.db，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，反编排，刨边机
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/federicomarini/idealhttps://federicomarini.github.io/ideal/
BugReports	https://github.com/federicomarini/ideal/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ideal_1.16.1.tar.gz
Windows二进制	ideal_1.16.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ideal_1.16.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ideal
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ideal
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ideal/
软件包下载报告	下载数据