蜂鸟

DOI:10.18129 / B9.bioc.hummingbird

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅蜂鸟

隐马尔可夫模型贝叶斯差异甲基化区域的检测

Bioconductor版本:3.13

一个包检测微分甲基化。它利用一个贝叶斯隐马尔科夫模型,其中包括位置依赖基因组位点,与大多数现有的方法假定观测之间的独立性。应用贝叶斯先验允许整个染色体信息共享来提高检测的力量。软件包是最好的的直接输出序列的甲基化状态,消除主观的使用,和大部分时间任意假定值的阈值确定的意义。最后,我们的方法不需要复制在两个或两个比较组。

作者:Eleni亚当(aut (cre),当时吉(aut), Desh Ranjan (aut)

维修工:Eleni亚当< eadam002 odu.edu >

从内部引用(R,回车引用(“蜂鸟”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“蜂鸟”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“蜂鸟”)

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文本 新闻

细节

biocViews 贝叶斯,BiomedicalInformatics,DNAMethylation,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,GeneExpression,HiddenMarkovModel,测序,软件
版本 1.2.0
Bioconductor自 BioC 3.12 (r - 4.0)(1年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (> = 4.0)
进口 Rcpp、图形、GenomicRanges,SummarizedExperiment,IRanges
链接 Rcpp
建议 knitr,rmarkdown
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 hummingbird_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 hummingbird_1.2.0.zip
macOS 10.13(高山脉) hummingbird_1.2.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hummingbird
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/蜂鸟
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/hummingbird/
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