gcapc

DOI:10.18129 / B9.bioc.gcapc

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅gcapc

GC调用者知道峰

Bioconductor版本:3.13

呼吁ChIP-seq峰值数据考虑潜在的测序读GC的偏见。GC的偏见是第一次估计广义线性混合模型使用有效的GC策略,然后应用到峰值估计意义。

作者:Mingxiang腾和拉斐尔·a·伊

维护人员:Mingxiang腾< tengmx gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“gcapc”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“gcapc”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“gcapc”)

HTML R脚本 gcapc用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BatchEffect,ChIPSeq,PeakDetection,测序,软件
版本 1.16.0
Bioconductor自 BioC 3.5 (r - 3.4)(4.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.4)
进口 BiocGenerics,GenomeInfoDb,S4Vectors,IRanges,Biostrings,BSgenome,GenomicRanges,Rsamtools,GenomicAlignments,matrixStats,质量样条函数,grDevices、图形、数据、方法
链接
建议 BiocStyle,knitr,rmarkdown,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/tengmx/gcapc
取决于我
进口我
建议我 epigraHMM
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 gcapc_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 gcapc_1.16.0.zip
macOS 10.13(高山脉) gcapc_1.16.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gcapc
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gcapc
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/gcapc/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网