gcapc

DOI:10.18129 / B9.bioc.gcapc

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅gcapc。

GC调用者知道峰

Bioconductor版本:3.13

呼吁ChIP-seq峰值数据考虑潜在的测序读GC的偏见。GC的偏见是第一次估计广义线性混合模型使用有效的GC策略,然后应用到峰值估计意义。

作者:Mingxiang腾和拉斐尔·a·伊

维护人员:Mingxiang腾< tengmx gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“gcapc”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“gcapc”)

HTML	R脚本	gcapc用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,ChIPSeq,PeakDetection,测序,软件
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4)
进口	BiocGenerics,GenomeInfoDb,S4Vectors,IRanges,Biostrings,BSgenome,GenomicRanges,Rsamtools,GenomicAlignments,matrixStats,质量样条函数,grDevices、图形、数据、方法
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/tengmx/gcapc
取决于我
进口我
建议我	epigraHMM
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	gcapc_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	gcapc_1.16.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	gcapc_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gcapc
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gcapc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gcapc/
包下载报告	下载数据