鱼池
DOI:10.18129 / B9.bioc.fishpond
这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅鱼池。
鱼池:微分成绩单和基因表达与推理复制
Bioconductor版本:3.13
鱼池包含微分的方法记录使用推论RNA-seq数据复制和基因表达分析的不确定性量化,由吉布斯抽样或引导抽样。还包包含实用程序用于处理大马哈鱼和小鲑鱼量化文件。
作者:Anzi朱(aut,施莱),迈克尔·爱(aut (cre), Avi斯利瓦斯塔瓦(aut,施莱),抢劫Patro (aut,施莱),约瑟夫·易卜拉欣(aut,施莱)Hirak Sarkar[所有],斯科特·范布伦(施)
维修工:迈克尔爱< michaelisaiahlove gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“鱼塘”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“鱼塘”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“鱼塘”)
| HTML | R脚本 | 终端设备和DGE推论复制 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | AlternativeSplicing,BatchEffect,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,GeneExpression,MultipleComparison,归一化,RNASeq,回归,测序,SingleCell,软件,转录,可视化 |
| 版本 | 1.8.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.9 (r - 3.6)(2.5年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | |
| 进口 | 图形、统计、跑龙套、方法abind,gtools,qvalue,S4Vectors,SummarizedExperiment,matrixStats,svMisc,Rcpp,矩阵 |
| 链接 | Rcpp |
| 建议 | testthat,knitr,rmarkdown,巨噬细胞,tximeta,org.Hs.eg.db,samr,DESeq2,apeglm,tximportData,SingleCellExperiment,limma |
| SystemRequirements | c++ 11 |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/mikelove/fishpond |
| 取决于我 | |
| 进口我 | singleCellTK |
| 建议我 | tximport |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | fishpond_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | fishpond_1.8.0.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | fishpond_1.8.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fishpond |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/鱼池 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/fishpond/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
