fastseg

DOI:10.18129 / B9.bioc.fastseg

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见fastseg．

Fastseg -一种快速分割算法

Bioconductor版本:3.13

Fastseg实现了一个非常快速有效的分割算法。它具有与DNACopy类似的功能(Olshen and Venkatraman 2004)，但要快得多，灵活得多。fastseg可以分割DNA微阵列数据和下一代测序数据，例如检测拷贝数段。此外，它还可以从RNA微阵列(如平铺阵列)中分割数据，以识别转录本。一般来说，它可以分割以矩阵或向量形式给出的数据。不同的数据格式可以用作fastseg的输入，例如用于微阵列的表达式集对象或用于测序数据的grange。fastseg的分割标准是基于贝叶斯框架中的统计检验，即网络t检验(Baldi 2001)。加速的原因是，在快速分段中不需要采样，并且使用动态规划方法计算分段的一阶和高阶矩。

作者:Guenter Klambauer

维护者:Guenter Klambauer

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("fastseg")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“fastseg”)

PDF	R脚本	fastseg: R包手册
PDF		参考手册

细节

biocViews	分类，CopyNumberVariation，软件
版本	1.38.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(10年)
许可证	LGPL (>= 2.0)
取决于	R (>= 2.13)，GenomicRanges，Biobase
进口	方法，图形，统计，BiocGenerics，S4Vectors，IRanges
链接
建议	DNAcopy，益生元
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/fastseg/fastseg.html
全靠我
进口我	methylKit
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	fastseg_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	fastseg_1.38.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	fastseg_1.38.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fastseg
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/fastseg
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/fastseg/
软件包下载报告	下载数据