这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅exomeCopy。
Bioconductor版本:3.13
检测拷贝数变异(CNV)外显子组测序样本,包括未配对样本。包实现了隐马尔科夫模型,使用位置,如背景阅读深度和GC-content,同时不断复制的规范化和样本分割成区域计数。
作者:迈克尔的爱
维修工:迈克尔爱< michaelisaiahlove gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“exomeCopy”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“exomeCopy”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“exomeCopy”)
R脚本 | 外显子组测序数据中拷贝数变异检测 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | CopyNumberVariation,遗传学,测序,软件 |
版本 | 1.38.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.9 (r - 2.14)(10年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | IRanges(> = 2.5.27),GenomicRanges(> = 1.23.16),Rsamtools |
进口 | stats4、方法GenomeInfoDb |
链接 | |
建议 | Biostrings |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | cn.mops,CNVPanelizer,contiBAIT |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | exomeCopy_1.38.0.tar.gz |
Windows二进制 | exomeCopy_1.38.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | exomeCopy_1.38.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/exomeCopy |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ exomeCopy |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/exomeCopy/ |
包下载报告 | 下载数据 |