这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅epivizr。
Bioconductor版本:3.13
这个包提供了连接epiviz web应用程序(http://epiviz.cbcb.umd.edu)基因组数据的交互式可视化。R / bioc交互式会话中的对象可以显示在基因组浏览器追踪或情节被导航探索基因组区域。支持基本Bioconductor数据结构(例如,GenomicRanges和RangedSummarizedExperiment对象),同时提供一个简单的机制来支持其他数据结构(通过包epivizrData)。可视化(使用d3.js)可以很容易地添加到web应用程序。
作者:赫克托耳Corrada布拉沃,弗罗林Chelaru,卢埃林史密斯,纳奥米•戈尔茨坦Jayaram Kancherla,摩根·沃尔特布莱恩戈特弗里德
维修工:赫克托耳Corrada布拉沃< hcorrada gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“epivizr”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“epivizr”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“epivizr”)
HTML | R脚本 | 介绍epivizr |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
视频 | Epiviz快速浏览 |
biocViews | GUI,基础设施,软件,可视化 |
版本 | 2.22.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.13 (r - 3.0)(8年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(> = 3.0),方法 |
进口 | epivizrServer(> = 1.1.1),epivizrData(> = 1.3.4),GenomicRanges,S4Vectors,IRanges,bumphunter,GenomeInfoDb |
链接 | |
建议 | testthat,roxygen2,knitr,Biobase,SummarizedExperiment,antiProfilesData,hgu133plus2.db,Mus.musculus,BiocStyle,minfi |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | epivizrStandalone |
进口我 | metavizr |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | epivizr_2.22.0.tar.gz |
Windows二进制 | epivizr_2.22.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13(高山脉) | epivizr_2.22.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epivizr |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ epivizr |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/epivizr/ |
包下载报告 | 下载数据 |