epigraHMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.epigraHMM

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见epigraHMM．

基于隐马尔可夫模型的表观基因组r分析

Bioconductor版本:3.13

epigraHMM提供了一套基于隐马尔可夫模型的表观基因组数据分析工具。它包含两个独立的峰值调用器，一个用于来自生物或技术重复的一致峰值，另一个用于来自多重复多条件实验的差异峰值。在差分峰值调用中，epigraHMM提供了特定于窗口的后视概率，这些后视概率与跨条件的每一种可能的读丰富组合模式相关联。

作者:佩德罗·巴尔多尼[aut, cre]

维护者:Pedro Baldoni

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("epigraHMM")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“epigraHMM”)

超文本标记语言	R脚本	使用警句的共识和差分峰值调用
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ATACSeq，ChIPSeq，DNaseSeq，表观遗传学，HiddenMarkovModel，软件
版本	1.0.8
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(< 6个月)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	Rcpp，magrittr，data.table，SummarizedExperiment、方法、GenomeInfoDb，GenomicRanges，rtracklayer，IRanges，Rsamtools，bamsignals，csaw，S4Vectors，limma统计数据,Rhdf5lib，rhdf5，矩阵，质量，尺度，ggpubr，ggplot2，GreyListChIP，pheatmap, grDevices
链接	Rcpp，RcppArmadillo，Rhdf5lib
建议	testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle，BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn4，gcapc，chromstaRData
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	epigraHMM_1.0.8.tar.gz
Windows二进制	epigraHMM_1.0.8.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	epigraHMM_1.0.8.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epigraHMM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/epigraHMM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/epigraHMM/
软件包下载报告	下载数据