epidecodeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.epidecodeR

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅epidecodeR。

epidecodeR:功能探索表观遗传和epitranscriptomic监管的工具

Bioconductor版本:3.13

epidecodeR包能够分析影响程度的DNA / RNA表观遗传基因或蛋白质的化学修改的失调。这个包集成化学改性生成的数据从主机外遗传性或epitranscriptomic技术如ChIP-seq, ATAC-seq, m6A-seq,等和特异表达基因差异表达基因列表的形式,核糖体占用或微分蛋白质翻译和识别基因失调造成的影响因不同程度的化学修饰与基因有关。epidecodeR产生累积分布函数(CDF)情节显示变化趋势总体log2FC基因分为组之间基于修改的程度与基因有关。工具还测试log2FC组之间差异显著性的基因。

作者:Kandarp Joshi (aut (cre),丹王Ohtan (aut)

维护人员:Kandarp Joshi < kandarpbioinfo gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“epidecodeR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“epidecodeR”)

HTML	R脚本	epidecodeR:功能探索表观遗传和epitranscriptomic监管的工具
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChipOnChip,DifferentialExpression,表观遗传学,Epitranscriptomics,FunctionalGenomics,FunctionalPrediction,GeneExpression,GeneRegulation,HistoneModification,软件,SystemsBiology,转录,转录组
版本	1.0.2中
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.1.0)
进口	EnvStats,ggplot2,rtracklayer,GenomicRanges,IRanges,rstatix,ggpubr、方法、统计跑龙套,dplyr
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kandarpRJ/epidecodeRhttps://epidecoder.shinyapps.io/shinyapp/
BugReports	https://github.com/kandarpRJ/epidecodeR/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	epidecodeR_1.0.2.tar.gz
Windows二进制	epidecodeR_1.0.2.zip
macOS 10.13(高山脉)	epidecodeR_1.0.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epidecodeR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ epidecodeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/epidecodeR/
包下载报告	下载数据