ensemblVEP

DOI:10.18129 / B9.bioc.ensemblVEP

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ensemblVEP

R接口运用变异效果预测

Bioconductor版本:3.13

通过perl API查询运用变异效果预测。

作者:瓦莱丽Obenchain和Lori牧羊人

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

从内部引用(R,回车引用(“ensemblVEP”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ensemblVEP”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ensemblVEP”)

PDF R脚本 ensemblVEP
PDF R脚本 PreV90EnsemblVEP
PDF 参考手册
文本 自述
文本 新闻

细节

biocViews 注释,单核苷酸多态性,软件,VariantAnnotation
版本 1.34.0
Bioconductor自 BioC 2.12 (r - 3.0)(8.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 方法,BiocGenerics,GenomicRanges,VariantAnnotation
进口 S4Vectors(> = 0.9.25),Biostrings,SummarizedExperiment,GenomeInfoDb,统计数据
链接
建议 RUnit
SystemRequirements 运用(API版本104)和Perl DBI模块和DBD:: mysql必须安装。看到包的README和运用安装说明:http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html安装程序
增强了
URL
取决于我
进口我 MMAPPR2,TVTB
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 ensemblVEP_1.34.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉) ensemblVEP_1.34.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ensemblVEP
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ensemblVEP
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ensemblVEP/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网