enrichplot

DOI:10.18129 / B9.bioc.enrichplot

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅enrichplot。

可视化功能富集的结果

Bioconductor版本:3.13

“enrichplot”包实现了几种可视化方法解释功能性浓缩从奥拉或GSEA分析结果。所有的可视化方法是基于“ggplot2”图形开发的。

作者:Guangchuang Yu (aut (cre),Erqiang胡锦涛(施)

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“enrichplot”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“enrichplot”)

HTML		enrichplot
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,去,GeneSetEnrichment,KEGG,通路,软件,可视化
版本	1.12.3
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	cowplot,剂量(> = 3.16.0),ggplot2,ggraph、图形、网格igraph、方法、plyr,purrr,RColorBrewer,reshape2,统计,跑龙套,scatterpie,shadowtext,GOSemSim,magrittr,ggtree
链接
建议	clusterProfiler,dplyr,europepmc,ggupset,knitr,rmarkdown,org.Hs.eg.db,prettydoc,宠物猫,tidyr,ggforce,AnnotationDbi,ggplotify,ggridgesgrDevices,gridExtra,ggnewscale,ggrepel(> = 0.9.0),ggstar,treeio,尺度,tidytree
SystemRequirements
增强了
URL	https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/enrichplot/issues
取决于我	maEndToEnd
进口我	ChIPseeker,clusterProfiler,debrowser,ExpHunterSuite,MAGeCKFlute,网格,multiSight,ReactomePA
建议我	methylGSA
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	enrichplot_1.12.3.tar.gz
Windows二进制	enrichplot_1.12.3.zip
macOS 10.13(高山脉)	enrichplot_1.12.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/enrichplot
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ enrichplot
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/enrichplot/
包下载报告	下载数据