dyebias

DOI:10.18129 / B9.bioc.dyebias

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见dyebias．

修正滑动依赖基因特异性染料偏倚的GASSCO方法

Bioconductor版本:3.13

许多双色杂交都有基因特异性和载玻片特异性的染料偏倚。前者取决于用于标记的核苷酸的含量;后者取决于贴标签的百分比。到目前为止，还没有认识到幻灯片依赖性，因此不可能处理人工制品。给定合理数量的染料交换杂交对，或相同杂交对相同杂交，可以使用GASSCO方法估计和纠正基因和滑动偏倚(Margaritis et al.， Mol. Sys。生物学报。5:266 (2009)，doi:10.1038/msb.2009.21)

作者:Philip Lijnzaad和Thanasis Margaritis

维护者:Philip Lijnzaad

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("dyebias")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“dyebias”)

PDF	R脚本	偏染校正
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	微阵列，预处理，质量控制，软件，TwoChannel
版本	1.52.0
在Bioconductor	BioC 2.4 (R-2.9)(12.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 1.4.1)，marray，Biobase
进口
链接
建议	limma，转换，GEOquery，dyebiasexamples、方法
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.holstegelab.nl/publications/margaritis_lijnzaad
全靠我
进口我
建议我	dyebiasexamples
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	dyebias_1.52.0.tar.gz
Windows二进制	dyebias_1.52.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	dyebias_1.52.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dyebias
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/dyebias
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dyebias/
软件包下载报告	下载数据