解耦

DOI:10.18129 / B9.bioc.decoupleR

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅解耦。

从统计包分离基因集

Bioconductor版本:3.13

转录组分析了差异基因表达分析往往导致基因列表,很难分析和解释。下游分析工具可以用来总结管制事件到一个更小的生物可判断的功能。特别是,方法预测转录因子的活动(TFs)基因表达是常用的。已经表明TF的转录目标收益率更稳健估计的TF活性比观察特遣部队本身的表达。因此,转录因子的评估活动,需要一个转录调控网络结合统计算法,总结了目标基因的表达成一个单一的活动得分。多年来,许多不同的监管网络和统计算法被开发出来,主要是在一个固定的一个网络,一个算法。系统地评估网络和算法,我们开发了脱钩,R包,允许用户应用提供有效的任意组合。

作者:耶稣维(cre, aut)、基督教h .荷兰(aut)

维修工:耶稣维< jvelezmagic gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“脱钩”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“脱钩”)

HTML	R脚本	介绍解耦
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneRegulation,网络,软件,StatisticalMethod,转录
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	扫帚,dplyr,GSVA,magrittr,矩阵,purrr,rlang,speedglm统计数据,stringr,宠物猫,tidyr,tidyselect,毒蛇,withr
链接
建议	BiocStyle,covr,knitr,pkgdown,RefManageR,rmarkdown,roxygen2,sessioninfo,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://saezlab.github.io/decoupleR/
BugReports	https://github.com/saezlab/decoupleR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	decoupleR_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	decoupleR_1.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	decoupleR_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/decoupleR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/解耦
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/decoupleR/
包下载报告	下载数据