decompTumor2Sig

DOI:10.18129 / B9.bioc.decompTumor2Sig

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见decompTumor2Sig．

通过特征修饰将单个肿瘤分解为突变特征

Bioconductor版本:3.13

使用二次规划进行特征重构，即将单个肿瘤样本的突变目录分解为一组给定的突变特征(alexandrov模型特征或shiriraishi模型特征)，计算反映特征对肿瘤突变负荷贡献的权重。

作者:罗萨里奥·m·皮罗[aut, cre]，桑德拉·克鲁格[ctb]

维护者:Rosario M. Piro

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("decompTumor2Sig")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“decompTumor2Sig”)

超文本标记语言	R脚本	简要介绍decompTumor2Sig
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文本		新闻

细节

biocViews	BiologicalQuestion，BiomedicalInformatics，DNASeq，遗传学，GenomicVariation，单核苷酸多态性，测序，软件，SomaticMutation，StatisticalMethod
版本	2.8.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(2.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.0)，ggplot2
进口	方法,矩阵，quadprog(> = 1.5 5),GenomicRanges统计数据,GenomicFeatures，Biostrings，BiocGenerics，S4Vectors，plyr， utils，图形，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，VariantAnnotation，SummarizedExperiment，ggseqlogo，gridExtra，data.table，GenomeInfoDb，readxl
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	http://rmpiro.net/decompTumor2Sig/https://github.com/rmpiro/decompTumor2Sig
BugReports	https://github.com/rmpiro/decompTumor2Sig/issues
全靠我
进口我	musicatk
建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	decompTumor2Sig_2.8.0.tar.gz
Windows二进制	decompTumor2Sig_2.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	decompTumor2Sig_2.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/decompTumor2Sig
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/decompTumor2Sig
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/decompTumor2Sig/
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