decompTumor2Sig

DOI:10.18129 / B9.bioc.decompTumor2Sig

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见decompTumor2Sig

通过特征修饰将单个肿瘤分解为突变特征

Bioconductor版本:3.13

使用二次规划进行特征重构,即将单个肿瘤样本的突变目录分解为一组给定的突变特征(alexandrov模型特征或shiriraishi模型特征),计算反映特征对肿瘤突变负荷贡献的权重。

作者:罗萨里奥·m·皮罗[aut, cre],桑德拉·克鲁格[ctb]

维护者:Rosario M. Piro

引文(从R内,输入引用(“decompTumor2Sig”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("decompTumor2Sig")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

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browseVignettes(“decompTumor2Sig”)

超文本标记语言 R脚本 简要介绍decompTumor2Sig
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文本 新闻

细节

biocViews BiologicalQuestionBiomedicalInformaticsDNASeq遗传学GenomicVariation单核苷酸多态性测序软件SomaticMutationStatisticalMethod
版本 2.8.0
在Bioconductor BioC 3.9 (R-3.6)(2.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 4.0),ggplot2
进口 方法,矩阵quadprog(> = 1.5 5),GenomicRanges统计数据,GenomicFeaturesBiostringsBiocGenericsS4Vectorsplyr, utils,图形,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneVariantAnnotationSummarizedExperimentggseqlogogridExtradata.tableGenomeInfoDbreadxl
链接
建议 knitrrmarkdownBiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL http://rmpiro.net/decompTumor2Sig/https://github.com/rmpiro/decompTumor2Sig
BugReports https://github.com/rmpiro/decompTumor2Sig/issues
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源包 decompTumor2Sig_2.8.0.tar.gz
Windows二进制 decompTumor2Sig_2.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) decompTumor2Sig_2.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/decompTumor2Sig
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/decompTumor2Sig
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/decompTumor2Sig/
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