dce

DOI:10.18129 / B9.bioc.dce

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅dce。

基于微分因果效应的通路富集

Bioconductor版本:3.13

计算微分因果效应(dce)(生物)网络。鉴于控制实验的观测样本和非控制性(如癌症)两个基因a和B,我们可以计算微分因果效应(广义)线性回归。如果的因果效应基因在基因B在控制样品不同于非控制性样本dce的因果效应将不同于零。我们调整了dce计算之前将网络信息的途径如KEGG数据库。

作者:金菲利普·雅布伦斯基(aut (cre),马丁Pirkl (aut)

维修工:金菲利普·雅布伦斯基< kim.philipp。雅布伦斯基在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(dce)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (dce)

HTML	R脚本	开始
HTML	R脚本	通路网络数据库的概述
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细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GraphAndNetwork,KEGG,网络,NetworkEnrichment,回归,软件,StatisticalMethod
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	统计数据、方法为了,图,pcalg,purrr,tidyverse,矩阵,ggraph,tidygraph,ggplot2,rlang,expm,质量,CombinePValue,刨边机,epiNEM,igraph,metap,mnem,naturalsort,ppcor,glm2,石墨,reshape2,dplyr,胶水,Rgraphviz,harmonicmeanp,org.Hs.eg.db,日志记录器
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat(> =魅惑,BiocStyle,formatR,cowplot,dagitty,航空航天,三明治,devtools,curatedTCGAData,TCGAutils,SummarizedExperiment
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/cbg-ethz/dce
BugReports	https://github.com/cbg-ethz/dce/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	dce_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	dce_1.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	dce_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dce
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ dce
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dce/
包下载报告	下载数据