这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅cpvSNP。
Bioconductor版本:3.13
基因分析方法存在SNP-level协会假定值组合为基因集,计算一个协会假定值为每个基因集。这个包实现了两个这样的方法,只需要计算SNP假定值,感兴趣的基因集(s),和一个相关矩阵(如果需要)。一个方法(GLOSSI)需要独立的单核苷酸多态性和其他(拉斯维加斯)可以考虑相关性(LD)单核苷酸多态性。内置的绘图函数可用来帮助用户可视化结果。
作者:凯特琳麦克休、杰西卡·拉尔森和杰森·哈克尼
维护人员:凯特琳麦克休< mchughc uw.edu >
从内部引用(R,回车引用(“cpvSNP”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cpvSNP”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“cpvSNP”)
R脚本 | 基因分析和运行“cpvSNP”包 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | GeneSetEnrichment,遗传学,GenomicVariation,通路,软件,StatisticalMethod |
版本 | 1.24.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(6.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 2.10),GenomicFeatures,GSEABase(> = 1.24.0) |
进口 | 方法,corpcor,BiocParallel,ggplot2,plyr |
链接 | |
建议 | TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,RUnit,BiocGenerics,ReportingTools,BiocStyle |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | cpvSNP_1.24.0.tar.gz |
Windows二进制 | cpvSNP_1.24.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | cpvSNP_1.24.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cpvSNP |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cpvSNP |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/cpvSNP/ |
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