cosmosR

DOI:10.18129 / B9.bioc.cosmosR

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅cosmosR。

宇宙(因果导向的Multi-Omic搜索空间)

Bioconductor版本:3.13

宇宙(因果定向搜索Multi-Omic空间)是一种方法,集phosphoproteomics、转录组,和代谢组学数据集基于信号的先验知识,代谢和基因调控网络。它估计transcrption因素和激酶的活动,发现一个网络级的因果推理。因此,宇宙为跨mulit-omics实验观测数据集提供了机械的假设。

作者:Aurelien Dugourd (aut),阿提拉伽柏(aut),凯瑟琳娜Zirngibl (cre, aut)

维护人员:凯瑟琳Zirngibl <凯瑟琳。在uni-heidelberg.de zirngibl >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cosmosR”)

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文档

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HTML	R脚本	cosmosR教程
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细节

biocViews	CellBiology,GeneSignaling,代谢组学,网络,通路,蛋白质组学,软件,转录组
版本	1.0.1
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	狂欢节,多萝西娅,igraph,dplyr跑龙套,stringr,readr,rlang,宠物猫,purrr,AnnotationDbi,biomaRt,org.Hs.eg.db,visNetwork
链接
建议	testthat,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/saezlab/COSMOSR
BugReports	https://github.com/saezlab/COSMOSR/issues
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cosmosR_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	cosmosR_1.0.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	cosmosR_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cosmosR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cosmosR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cosmosR/
包下载报告	下载数据