彗星

DOI:10.18129 / B9.bioc.coMET

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见彗星

coMET:区域表观基因组全关联扫描(EWAS)结果和DNA共甲基化模式的可视化

Bioconductor版本:3.13

EWAS的可视化结果在基因组区域。除了表型关联p值,coMET还生成共甲基化模式图,并提供一系列注释轨迹。只要数据可以翻译到基因组水平,它可以用于任何物种的其他组级关联扫描。

作者:Tiphaine C. Martin [aut,cre], Thomas Hardiman [aut], Idil Yet [aut],蔡佩倩[aut], Jordana T. Bell [aut]

维护者:Tiphaine Martin < Tiphaine。马丁在mssm。edu>

引文(从R内,输入引用(“彗星”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("coMET")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“彗星”)

PDF R脚本 coMET用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews ChIPSeqDNAMethylationDNASeqDifferentialMethylationExomeSeqFunctionalGenomics遗传学GenomeWideAssociationMethylSeqMethylationArray微阵列MotifAnnotationRNASeqRiboSeq测序软件可视化
版本 1.24.0
在Bioconductor BioC 3.1 (R-3.2)(6.5年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 3.7.0), grid, utils,biomaRtGviz心理
进口 工具哈希grDevices,gridExtrartracklayerIRangesS4VectorsGenomicRanges统计数据,corrplot
链接
建议 BiocStyleknitrRUnitBiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL http://epigen.kcl.ac.uk/comet
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 coMET_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 coMET_1.24.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) coMET_1.24.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coMET
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/coMET
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/coMET/
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