clusterExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.clusterExperiment

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅clusterExperiment。

单细胞测序比较聚类

Bioconductor版本:3.13

提供了运行功能,并比较不同集群的单细胞测序数据或其他大型mRNA表达数据集。

作者:伊丽莎白Purdom (cre, aut cph],大卫。Risso (aut)

维护人员:伊丽莎白Purdom < epurdom stat.berkeley.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“clusterExperiment”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“clusterExperiment”)

HTML	R脚本	clusterExperiment装饰图案
HTML	R脚本	处理大型数据集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,RNASeq,测序,SingleCell,软件
版本	2.12.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6.0),SingleCellExperiment,SummarizedExperiment(> = 1.15.4),BiocGenerics
进口	方法,NMF,RColorBrewer,猿(> = 5.0),集群统计数据,limma,多少,locfdr,matrixStats、图形、平行,BiocSingular,kernlab,stringr,S4VectorsgrDevices,DelayedArray(> = 0.7.48),HDF5Array(> = 1.7.10),矩阵,Rcpp,刨边机,尺度,zinbwave,phylobase,pracma,mbkmeans
链接	Rcpp
建议	BiocStyle,knitr,testthat,桅杆,Rtsne,食物,igraph
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/epurdom/clusterExperiment/issues
取决于我	netSmooth
进口我	netDx
建议我	弹弓,tradeSeq
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	clusterExperiment_2.12.0.tar.gz
Windows二进制	clusterExperiment_2.12.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	clusterExperiment_2.11.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clusterExperiment
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ clusterExperiment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/clusterExperiment/
包下载报告	下载数据