clusterExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.clusterExperiment

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅clusterExperiment

单细胞测序比较聚类

Bioconductor版本:3.13

提供了运行功能,并比较不同集群的单细胞测序数据或其他大型mRNA表达数据集。

作者:伊丽莎白Purdom (cre, aut cph],大卫。Risso (aut)

维护人员:伊丽莎白Purdom < epurdom stat.berkeley.edu >

从内部引用(R,回车引用(“clusterExperiment”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“clusterExperiment”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“clusterExperiment”)

HTML R脚本 clusterExperiment装饰图案
HTML R脚本 处理大型数据集
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类,RNASeq,测序,SingleCell,软件
版本 2.12.0
Bioconductor自 BioC 3.4 (r - 3.3)(5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.6.0),SingleCellExperiment,SummarizedExperiment(> = 1.15.4),BiocGenerics
进口 方法,NMF,RColorBrewer,(> = 5.0),集群统计数据,limma,多少,locfdr,matrixStats、图形、平行,BiocSingular,kernlab,stringr,S4VectorsgrDevices,DelayedArray(> = 0.7.48),HDF5Array(> = 1.7.10),矩阵,Rcpp,刨边机,尺度,zinbwave,phylobase,pracma,mbkmeans
链接 Rcpp
建议 BiocStyle,knitr,testthat,桅杆,Rtsne,食物,igraph
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/epurdom/clusterExperiment/issues
取决于我 netSmooth
进口我 netDx
建议我 弹弓,tradeSeq
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 clusterExperiment_2.12.0.tar.gz
Windows二进制 clusterExperiment_2.12.0.zip
macOS 10.13(高山脉) clusterExperiment_2.11.3.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clusterExperiment
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ clusterExperiment
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/clusterExperiment/
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