cleanUpdTSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.cleanUpdTSeq

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅cleanUpdTSeq。

cleanUpdTSeq清理工件从聚腺苷酸化网站益生元(dT)介导的RNA sequending 3 '末端数据

Bioconductor版本:3.13

这个包实现了朴素贝叶斯分类器准确区分真正的聚腺苷酸化网站网站(pA)从低聚糖(dT)介导的3 '末端测序PAS-Seq等PolyA-Seq和RNA-Seq过滤假聚腺苷酸化网站,主要是由于低聚糖在逆转录(dT)介导的内部启动。classifer高度准确,优于其他启发式方法。

作者:莎拉•谢泼德叫海波Liu Jianhong Ou,内森·劳森丽华朱莉朱

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >;利华国际朱莉朱<朱莉。朱:umassmed.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cleanUpdTSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“cleanUpdTSeq”)

HTML	R脚本	cleanUpdTSeq装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	3 '末端测序,测序,软件,内部启动,聚腺苷酸化网站
版本	1.30.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(8年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5.0),BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7、方法
进口	BSgenome,GenomicRanges,seqinr,e1071,Biostrings,GenomeInfoDb,IRanges跑龙套,stringr,统计数据
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown,knitr,RUnit,BiocGenerics(> = 0.1.0)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	InPAS
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cleanUpdTSeq_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	cleanUpdTSeq_1.30.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	cleanUpdTSeq_1.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cleanUpdTSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cleanUpdTSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cleanUpdTSeq/
包下载报告	下载数据