此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见chipseq.
Bioconductor版本:3.13
帮助处理chipseq实验的短读取数据的工具
作者:Deepayan Sarkar, Robert Gentleman, Michael Lawrence,姚紫珍
维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>
引文(从R内,输入引用(“chipseq”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“chipseq”)
R脚本 | 一个样本ChIP-Seq分析工作流 | |
参考手册 |
biocViews | ChIPSeq,报道,DataImport,质量控制,测序,软件 |
版本 | 1.42.0 |
在Bioconductor | BioC 2.5 (R-2.10)(12年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(>= 2.10),方法,BiocGenerics(> = 0.1.0),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomicRanges(> = 1.31.8),ShortRead |
进口 | 方法、统计数据晶格,BiocGenerics,IRanges,GenomicRanges,ShortRead |
链接 | |
建议 | BSgenome,GenomicFeatures,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | ChIPQC,文案,HTSeqGenie,soGGi,transcriptR |
建议我 | GenoGAM |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | chipseq_1.42.0.tar.gz |
Windows二进制 | chipseq_1.42.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | chipseq_1.42.0.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipseq |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/chipseq |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/chipseq/ |
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