cellTree

DOI:10.18129 / B9.bioc.cellTree

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见cellTree

作为层次树结构的单细胞RNA-seq数据的推断和可视化

Bioconductor版本:3.13

该软件包计算单细胞RNA-seq数据的潜狄利克雷分配(LDA)模型,并构建一个紧凑的树,对单个细胞之间随时间或空间的关系进行建模。

作者:David duVerle [aut, cre], Koji Tsuda [aut]

维护者:David duVerle

引文(从R内,输入引用(“cellTree”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("cellTree")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“cellTree”)

PDF R脚本 推论和可视化的单细胞RNA-seq数据作为一个层次树结构
PDF 参考手册

细节

biocViews BiomedicalInformaticsCellBiology聚类FunctionalGenomicsGeneExpressionGeneSetEnrichmentGraphAndNetworkImmunoOncology微阵列RNASeq测序软件SystemsBiologyTimeCourse可视化
版本 1.22.0
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(5.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.3),topGO
进口 topicmodels大满贯maptpxigraphxtablegplots
链接
建议 BiocStyleknitrHSMMSingleCellbiomaRtorg.Hs.eg.dbBiobase、工具
SystemRequirements
增强了
URL http://tsudalab.org
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 cellTree_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 cellTree_1.22.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) cellTree_1.22.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cellTree
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cellTree
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/cellTree/
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