这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅bumphunter。
Bioconductor版本:3.13
找到疙瘩在基因组数据的工具
作者:拉斐尔·a·伊(cre, aut),马丁·阿尔耶前来(aut),丹尼尔•汉森(aut) Kasper赫克托耳Corrada布拉沃(aut),山安德鲁斯(施),安德鲁·e·贾菲[所有],[所有]哈里斯贾菲,莱昂纳多Collado-Torres(施)
维护人员:拉斐尔·a·伊<拉法在jimmy.harvard.edu >
从内部引用(R,回车引用(“bumphunter”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“bumphunter”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“bumphunter”)
R脚本 | bumphunter用户指南 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DNAMethylation,表观遗传学,ImmunoOncology,基础设施,MultipleComparison,软件 |
版本 | 1.34.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.12 (r - 3.0)(8.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 3.5),S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 2.3.23),GenomeInfoDb,GenomicRanges,foreach,迭代器、方法、并行locfit |
进口 | matrixStats,limma,doRNG,BiocGenerics跑龙套,GenomicFeatures,AnnotationDbi,统计数据 |
链接 | |
建议 | testthat,RUnit,doParallel,org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/rafalab/bumphunter |
取决于我 | minfi |
进口我 | brainflowprobes,冠军,DAMEfinder,derfinder,dmrseq,epivizr,GenomicState,methylCC,recountWorkflow,rnaEditr |
建议我 | bigmelon,derfinderPlot,epivizrData,regionReport |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | bumphunter_1.34.0.tar.gz |
Windows二进制 | bumphunter_1.34.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | bumphunter_1.34.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bumphunter |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ bumphunter |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/bumphunter/ |
包下载报告 | 下载数据 |