biovizBase

DOI:10.18129 / B9.bioc.biovizBase

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅biovizBase。

基因组数据的可视化的基本图形工具。

Bioconductor版本:3.13

biovizBase包的目的是提供一套工具,基因组数据的配色方案和约定。它是各种高级包生物数据可视化的基础。这节省了开发工作,并鼓励一致。

作者:腾飞阴(aut),迈克尔·劳伦斯(aut解说,cre) Dianne库克(aut,黑色),约翰Rainer(施)

维护人员:迈克尔·劳伦斯< michafla gene.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“biovizBase”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“biovizBase”)

PDF	R脚本	介绍biovizBase
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施,预处理,软件,可视化
版本	1.40.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.5.0)方法
进口	grDevices,统计数据,尺度,Hmisc,RColorBrewer,二色视者,BiocGenerics,S4Vectors(> = 0.23.19),IRanges(> = 1.99.28),GenomeInfoDb(> = 1.5.14),GenomicRanges(> = 1.23.21),SummarizedExperiment,Biostrings(> = 2.33.11),Rsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),GenomicFeatures(> = 1.21.19),AnnotationDbi,VariantAnnotation(> = 1.11.4),ensembldb(> = 1.99.13),AnnotationFilter(> = 0.99.8),rlang
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,BSgenome,rtracklayer,EnsDb.Hsapiens.v75,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	咖啡馆,qrqc
进口我	BubbleTree,ChIPexoQual,ggbio,Gviz,karyoploteR,Pviz,qrqc,Rqc
建议我	CINdex,derfinderPlot,NanoStringNCTools,R3CPET,regionReport,StructuralVariantAnnotation
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	biovizBase_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	biovizBase_1.40.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	biovizBase_1.40.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biovizBase
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ biovizBase
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/biovizBase/
包下载报告	下载数据