biomformat

DOI:10.18129 / B9.bioc.biomformat

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅biomformat。

一个接口包BIOM文件格式

Bioconductor版本:3.13

这是一个R包与BIOM格式。这个包包括基本工具阅读biom-format文件、访问和构造子集数据表从biom对象(这是更复杂的比一个表),以及有限的支持写biom-object回到biom-format文件。这个API的设计是为了匹配python API和其他工具包括biom-format项目,但明显味道“R”R用户应该很熟悉。这包括S4的类和方法,以及共同核心函数/方法的延伸。

作者:保罗·j·McMurdie < McMurdie stanford.edu >保尔森和约瑟夫N < jpaulson jimmy.harvard.edu >

维护人员:Paul j . McMurdie < McMurdie stanford.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“biomformat”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“biomformat”)

HTML	R脚本	biomformat包装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,ImmunoOncology,宏基因组,微生物组,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(5.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(> = 3.2),方法
进口	plyr(> = 1.8),jsonlite(> = 0.9.16),矩阵(> = 1.2),rhdf5
链接
建议	testthat(> = 0.10),knitr(> = 1.10),BiocStyle(> = 1.6),rmarkdown(> = 0.7)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/joey711/biomformat/http://biom-format.org/
BugReports	https://github.com/joey711/biomformat/issues
取决于我
进口我	微生物,microbiomeExplorer,phyloseq
建议我	metagenomeSeq,米娅,MicrobiotaProcess
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	biomformat_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	biomformat_1.20.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	biomformat_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biomformat
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ biomformat
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/biomformat/
包下载报告	下载数据