后面;

DOI:10.18129 / B9.bioc.batchelor

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅后面;。

单细胞批校正方法

Bioconductor版本:3.13

实现批处理的各种方法单细胞测序(RNA)数据的修正。这包括基于检测方法相互最近的邻居,以及一些有效的线性回归的日志表达式值变异。功能还提供了执行全球尺度改变去除深度批次之间的差异,并进行主成分分析,健壮的差异各批次的细胞的数量。

作者:亚伦Lun (aut (cre) Laleh Haghverdi(施)

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“确定”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“确定”)

HTML	R脚本	1。纠正批处理效果
HTML	R脚本	2。扩展方法
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,GeneExpression,归一化,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.8.1
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	SingleCellExperiment
进口	SummarizedExperiment,S4Vectors,BiocGenerics,Rcpp、数据、方法、效用,igraph,BiocNeighbors,BiocSingular,矩阵,DelayedArray,DelayedMatrixStats,BiocParallel,天窗,ResidualMatrix,ScaledMatrix,beachmat
链接	Rcpp
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,食物,嘘,咆哮,scRNAseq
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
取决于我	OSCA。先进,OSCA.intro OSCA。multisample, OSCA.workflows
进口我	ChromSCape,mumosa,singleCellTK
建议我	TSCAN
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	batchelor_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	batchelor_1.8.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	batchelor_1.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/batchelor
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/后面
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/batchelor/
包下载报告	下载数据