这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅bamsignals。
Bioconductor版本:3.13
这个包可以有效地获得计算向量从索引bam文件。重要的读取给定基因组范围和它计算读取配置文件,覆盖配置文件。它还处理paired-end数据。
作者:亚历山德罗Mammana (aut (cre),约翰内斯·赫尔穆特(aut)
维护人员:约翰内斯·赫尔穆特<约翰内斯。赫尔穆特在laborberlin.com >
从内部引用(R,回车引用(“bamsignals”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“bamsignals”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“bamsignals”)
HTML | R脚本 | 介绍bamsignals包 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,报道,DataImport,测序,软件 |
版本 | 1.24.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(6.5年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (> = 3.2.0) |
进口 | 方法,BiocGenerics,Rcpp(> = 0.10.6),IRanges,GenomicRanges,zlibbioc |
链接 | Rcpp,Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc |
建议 | testthat(> = 0.9),Rsamtools,BiocStyle,knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | GNU使 |
增强了 | |
URL | https://github.com/lamortenera/bamsignals |
BugReports | https://github.com/lamortenera/bamsignals/issues |
取决于我 | |
进口我 | AneuFinder,chromstaR,epigraHMM,karyoploteR,normr |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | bamsignals_1.24.0.tar.gz |
Windows二进制 | bamsignals_1.24.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13(高山脉) | bamsignals_1.24.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bamsignals |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ bamsignals |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/bamsignals/ |
包下载报告 | 下载数据 |