bambu

DOI:10.18129 / B9.bioc.bambu

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅bambu。

长阅读RNA-Seq Reference-guided同种型重建和量化数据

Bioconductor版本:3.13

bambu是多试样的R包记录发现和使用长读RNA-Seq数据量化。您可以使用bambu读对齐后获得成绩单和基因表达式估计已知和小说。bambu的输出可以直接用于可视化和下游或转录基因差异表达分析等使用。

作者:陈应(cre, aut],趣事祺Wan (aut),乔纳森Goeke (aut)

维护人员:应陈< chen_ying在gis.a-star.edu.sg >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“bambu”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“bambu”)

HTML	R脚本	bambu
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,报道,DifferentialExpression,FeatureExtraction,GeneExpression,GenomeAnnotation,GenomeAssembly,ImmunoOncology,MultipleComparison,归一化,RNASeq,回归,测序,软件,转录,转录组
版本	1.2.1 "
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0),SummarizedExperiment(> = 1.1.6),S4Vectors(> = 0.22.1),IRanges
进口	BiocGenerics,BiocParallel,data.table,dplyr,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicRanges统计数据,glmnet,Rsamtools、方法、Rcpp
链接	Rcpp,RcppArmadillo
建议	AnnotationDbi,Biostrings,BiocFileCache,ggplot2,ComplexHeatmap,circlize,ggbio,gridExtra,knitr,rmarkdown,testthat,BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,ExperimentHub(> = 1.15.3),DESeq2,NanoporeRNASeq,BSgenome,apeglm跑龙套,DEXSeq
SystemRequirements
增强了	平行
URL	https://github.com/GoekeLab/bambu
取决于我
进口我
建议我	NanoporeRNASeq
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	bambu_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	bambu_1.2.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	bambu_1.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bambu
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ bambu
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/bambu/
包下载报告	下载数据