artMS

DOI:10.18129 / B9.bioc.artMS

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅artMS。

分析R质谱分析的工具

Bioconductor版本:3.13

artMS提供了一组工具,用于分析蛋白质组学label-free数据集。需要作为输入MaxQuant搜索结果输出(证据。txt文件)和执行质量控制,相对量化使用MSstats,下游分析和集成。artMS还提供了一组函数需要格式化您所需要,让它兼容其他分析工具,包括SAINTq SAINTexpress, Phosfate,光子。检查[http://artms.org] (http://artms.org)的细节。

作者:大卫Jimenez-Morales (aut (cre)亚历山大•罗莎·坎波斯(aut,施莱)(aut), John Von Dollen妮娃Krogan (aut),丹尼尔Swaney (aut,施莱)

维护人员:大卫Jimenez-Morales < biodavidjm gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“artMS”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“artMS”)

HTML	R脚本	学习使用artMS
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释,BiomedicalInformatics,聚类,DifferentialExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,MassSpectrometry,MultipleComparison,归一化,蛋白质组学,质量控制,软件,SystemsBiology
版本	1.10.2
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(3年)
许可证	GPL(> = 3) +文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	AnnotationDbi,bit64,circlize,集群,corrplot,data.table,dplyr,getopt,ggdendro,ggplot2,gplots,ggrepel、图形grDevices、网格limma,MSstats,openxlsx,org.Hs.eg.db,pheatmap,情节,plyr,RColorBrewer,尺度,seqinr统计数据,stringr,tidyr,UpSetR跑龙套,维恩图,yaml
链接
建议	BiocStyle,ComplexHeatmap,factoextra,FactoMineR,gProfileR,knitr,PerformanceAnalytics,org.Mm.eg.db,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://artms.org
BugReports	https://github.com/biodavidjm/artMS/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	artMS_1.10.2.tar.gz
Windows二进制	artMS_1.10.2.zip
macOS 10.13(高山脉)	artMS_1.10.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/artMS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ artMS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/artMS/
包下载报告	下载数据