annotatr

DOI:10.18129 / B9.bioc.annotatr

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅annotatr。

注释基因组注释的基因区域

Bioconductor版本:3.13

给定一组基因的网站/地区(例如ChIP-seq山峰、论文认定、差异甲基化论文认定或地区,单核苷酸多态性,等等)通常感兴趣的调查相交的基因组注释。这类注释涉及基因模型(促进剂,5 'utrs,外显子、内含子和3 'utrs),论文认定(CpG岛CpG海岸,CpG货架),或监管序列增强剂等。annotatr包提供了一种简便的方法总结和可视化的交集基因组网站/地区与基因组注释。

作者:雷蒙德·g·Cavalcante (aut (cre),莫林·a .裁缝(黑色)

维护人员:雷蒙德·g·Cavalcante < rcavalca umich.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“annotatr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“annotatr”)

HTML	R脚本	装饰图案的标题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,FunctionalGenomics,GenomeAnnotation,软件,可视化
版本	1.18.1
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	AnnotationDbi,AnnotationHub,dplyr,GenomicFeatures,GenomicRanges,GenomeInfoDb(> = 1.10.3),ggplot2,IRanges、方法、readr,地区,reshape2,rtracklayer,S4Vectors(> = 0.23.10)统计,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,devtools,knitr,org.Dm.eg.db,org.Gg.eg.db,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db,rmarkdown,roxygen2,testthat,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene,TxDb.Ggallus.UCSC.galGal5.refGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6.refGene
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://www.github.com/rcavalcante/annotatr/issues
取决于我
进口我	dmrseq,scmeth
建议我	ramr
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	annotatr_1.18.1.tar.gz
Windows二进制	annotatr_1.18.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	annotatr_1.18.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annotatr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ annotatr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/annotatr/
包下载报告	下载数据