annmap

DOI:10.18129 / B9.bioc.annmap

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见annmap．

与Affymetrix阵列和NGS分析相关的基因组注释和可视化包。

Bioconductor版本:3.13

annmap提供Affymetrix外显子阵列的注释映射和基于坐标的查询，以支持深度测序数据分析。数据库访问隐藏在API后面，API提供了一组函数，如genesInRange()、geneToExon()、exonDetails()等。同时还提供了绘制基因结构和BAM文件数据的功能。基础数据来自Ensembl。

作者:Tim Yates

维护者:Chris Wirth

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("annmap")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“annmap”)

PDF		Annmap安装说明
PDF		annmap底漆
PDF		Annmap食谱
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，微阵列，OneChannel，ReportWriting，软件，转录，可视化
版本	1.34.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(9年)
许可证	GPL-2
取决于	R(>= 2.15.0)，方法，GenomicRanges
进口	DBI，RMySQL(0.6 > = 0),消化，Biobase、网格晶格，Rsamtools，genefilter，IRanges，BiocGenerics
链接
建议	RUnit，rjson，Gviz
SystemRequirements
增强了
URL	http://annmap.cruk.manchester.ac.uk
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	annmap_1.34.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	annmap_1.34.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annmap
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/annmap
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/annmap/
软件包下载报告	下载数据