aggregateBioVar

DOI:10.18129 / B9.bioc.aggregateBioVar

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见aggregateBioVar．

多主体scRNA-seq差异基因表达分析

Bioconductor版本:3.13

对于从多个受试者(例如生物样本或技术复制)收集的单细胞RNA-seq数据，此包包含在受试者水平上总结单细胞基因表达谱的工具。singlecel实验对象作为输入并转换为summarizeexperiment对象的列表，其中每个列表元素对应于指定的单元格类型。summarizeexperimental对象包含单个主题的聚合基因计数矩阵和主题间列元数据，可以使用下游批量RNA-seq工具进行处理。

作者:杰森·拉特克利夫[aut, cre]，安德鲁·瑟曼[aut]，迈克尔·奇门蒂[ctb]，亚历杭德罗·佩祖罗[ctb]

维护者:Jason Ratcliff < jas-ratcliff at uiowa.edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“aggregateBioVar”)

超文本标记语言	R脚本	多受试者scRNA-seq分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，RNASeq，SingleCell，软件，转录，转录组
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0)
进口	统计数据、方法S4Vectors，SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，矩阵，宠物猫，rlang
链接
建议	BiocStyle，魔法，knitr，rmarkdown，testthat，BiocGenerics，DESeq2，magrittr，dplyr，ggplot2，cowplot，ggtext，RColorBrewer，pheatmap，冬青
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jasonratcliff/aggregateBioVar
BugReports	https://github.com/jasonratcliff/aggregateBioVar/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	aggregateBioVar_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	aggregateBioVar_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	aggregateBioVar_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/aggregateBioVar
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/aggregateBioVar
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/aggregateBioVar/
软件包下载报告	下载数据