此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见abseqR.
Bioconductor版本:3.13
AbSeq是一个综合的生物信息学管道,用于分析由抗体库生成的测序数据集,abseqR是其软件包之一。abseqR为abseqPy (https://github.com/malhamdoosh/abseqPy)的用户提供绘图和报告功能,并允许他们生成交互式HTML报告,以便于查看和与其他研究人员共享。此外,abseqR扩展了abseqPy,以比较多个表分析并对其输出执行进一步的下游分析。
作者:JiaHong Fong [cre, aut], Monther Alhamdoosh [aut]
维护者:JiaHong Fong
引文(从R内,输入引用(“abseqR”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("abseqR")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“abseqR”)
R脚本 | abseqR简介 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | MultipleComparison,质量控制,ReportWriting,测序,软件,可视化 |
版本 | 1.10.0 |
在Bioconductor | BioC 3.8 (R-3.5)(3年) |
许可证 | GPL-3 |文件许可证 |
取决于 | R (>= 3.5.0) |
进口 | ggplot2,RColorBrewer,circlize,reshape2,维恩图,plyr,flexdashboard,BiocParallel(> = 1.1.25),png、网格gridExtra,rmarkdown,knitr,素食主义者,ggcorrplot,ggdendro,情节,BiocStyle,stringr, utils,方法,grDevices,统计,工具,图形 |
链接 | |
建议 | testthat |
SystemRequirements | Pandoc (>= 1.19.2.1) |
增强了 | |
URL | https://github.com/malhamdoosh/abseqR |
BugReports | https://github.com/malhamdoosh/abseqR/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | abseqR_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | abseqR_1.10.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | abseqR_1.10.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/abseqR |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/abseqR |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/abseqR/ |
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