XNAString

DOI:10.18129 / B9.bioc.XNAString

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅XNAString。

有效的操作修改寡核苷酸序列

Bioconductor版本:3.13

XNAString包允许基地序列和相关的化学修改的描述在一个单一的对象。XNAString能够捕获单链,以及双链分子。化学修改字符串表示为独立与不同特性的分子(糖基序列,序列,主干序列,修改),可以读取或写入一个执掌符号。它还允许使用从ViennaRNA RNAfold二级结构预测。XNAString被设计成高效表示核酸疗法为基础,因此它存储信息的目标序列,并提供接口的匹配和定位功能Biostrings包。

作者:安娜Gorska (aut),玛丽安娜Plucinska (aut (cre),吕克皮德森(aut) -凯乌平斯基法(aut), Disa Tehler (aut),彼得·h·Hagedorn (aut)

维护人员:玛丽安娜Plucinska <玛丽安娜。在roche.com plucinska >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“XNAString”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“XNAString”)

HTML	R脚本	XNAString类和功能
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,遗传学,SequenceMatching,测序,软件
版本	1.0.2中
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.1)
进口	跑龙套,Biostrings,BSgenome,data.table,GenomicRanges,IRanges、方法、Rcpp,stringi,S4Vectors,future.apply,stringr,formattable,统计数据
链接	Rcpp
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,减价,testthat,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,老鸨
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	XNAString_1.0.2.tar.gz
Windows二进制	XNAString_1.0.2.zip
macOS 10.13(高山脉)	XNAString_1.0.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/XNAString
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ XNAString
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/XNAString/
包下载报告	下载数据